该遗址位于楠木园村四组，地处巫峡中的长江南岸，1994年4月武汉大学对该遗址进行了试掘。其文化堆积厚约1.5－2米，在汉文化层下面为新石器时代城背溪文化层。该层出土的陶器有釜、罐、圈足盘、支座等。以红陶为主，次为灰褐陶，夹砂、夹炭、夹蚌。火候较低，陶胎疏松，器表饰以细绳纹、线纹等。
　　2、官渡口粮店大溪文化遗址
　　该遗址位于官渡口镇东坡村一组，镇粮店西侧，长江北岸现在的一级台地上。1994年4月和1997年春，武汉大学对该遗址进行了试掘和发掘。遗址堆积最厚处达3米，从上往下包含有三个时期的文化，即汉代文化、商代文化和新石器时代大溪文化。在大溪文化层中出土了大量的石器和陶器，并且还发现了一段呈圆形的用石块垒砌而成的围墙。
　　3、李家湾大溪文化墓葬
　　在楠木园五组李家湾遗址中，发现了三座大溪文化墓葬。这三座墓都属土坑墓，但坑很浅，没发现随葬品。其葬式皆为屈肢葬。
　　4、李家湾屈家岭文化墓葬群
　　2001年下半年，湖北省考古所在楠木园五组李家湾遗址发掘时，发现了一处屈家岭文化墓葬群，共有墓葬21座，全部是土坑墓。墓坑呈长方形，很浅、很小，只比一人身体略大。有的墓叠压在另一座墓上，有的墓打破了下面的墓。这些墓葬随葬品很丰富，有玉、松绿石做的佩饰，有石铲，还有很多陶器，如蛋壳彩陶杯、高圈足杯、高圈足折腹盘、矮足鼎、罐等。这些墓葬都朝着西北方。
　　5、雷家坪龙山文化（石家河文化）遗址
　　该遗址位于巴东县城对面、长江北岸的半山坡上，属东口镇。1997年9月，吉林大学对该遗址进行了发掘。在遗址的最下层发现了属龙山文化的陶器和石器，陶器胎壁较薄，以泥质灰陶和夹砂褐陶为主，有大口缸、小花边口折沿罐、圈足盘、器盖、高领壶、豆等，纹饰有篮纹、细线纹、粗线纹、篦纹、方格纹等。石器较少，主要有斧和敲砸器等⑵。
　　三、商周时期
　　1、遗址
　　商周时期遗址的范围较新石器时代遗址有所扩大，除长江以外，在清江、水、酉水两岸都有所发现。长江边发现的有：官渡口、雷家坪、旧县坪、前进滩、西口下溪口、秦家沱、红庙寺、七亩地、庙坪等，清江边发现的有：鄢家坪、长滩河、南潭河、桃符口、景阳河、浑水河等，酉水边发现的有：葫芦堡、牛摆尾、吊水河、田家河边等，水流域发现的有：千户坪、唐家渡、江口、刘家河等。
　　这些遗址大部分都保存得不太好，已发掘的遗址中，数水刘家河遗址、清江鄢家坪遗址较好。
　　（1）刘家河遗址：位于鹤峰县铁炉乡江口管理区水河的东岸，1997年9月至12月，为配合湖南江垭水库工程，恩施自治州博物馆、鹤峰县博物馆对其进行了发掘。早在八十年代，我们就对这里进行过多次考古调查，发现了商周时期的石凿、石锛、陶纺轮、网坠等器物和文化层。这次共发掘5×5米探方36个，发现了较大面积的建筑遗址，其中有沟、灶、窑、灰坑、柱洞、井等遗迹。遗址中出土了大量的陶器，陶质以夹砂褐陶为主，红陶次之。器类有豆、鼎、鬲、罐、盂、釜、纺轮、网坠等，纹饰主要有绳纹、线纹、篮纹、方格纹、回纹、戳印纹、附加堆纹等⑶。
　　（2）鄢家坪遗址：位于巴东县水布垭镇三友坪管理区大岩村一组清江北岸，1998年11月，湖北省考古研究所、恩施自治州博物馆对其进行了发掘。出土了少量的石斧和大量的陶器，陶器以圜底器为多。陶器的种类有釜、瓮、罐、小罐、豆、鬲、簋、碗、器盖、圈足器等，以夹砂褐陶为主，泥质黑陶次之，纹饰以方格纹为主，另有少量的绳纹、刻划纹、水波纹、镂孔等。还出土了骨佩饰、骨锥、骨箭簇、石环、石、小石范、卜骨等，其中骨佩饰十分精美。另外，在遗址中还发现了一座直桶式、内径达1.5米的陶窑。
　　2、墓葬：
　　商周时期的墓葬，主要分布在长江和清江沿岸。水、酉水沿岸发现过这时期的遗址，但目前尚未发现这时期的墓葬。